Firma NVIDIA poinformowała dziś, że BGI, największy na świecie instytut genomiki, uruchamia niekosztowną usługę przeznaczoną dla naukowców z całego świata, w ramach której będzie możliwe wykonanie analizy bioinformatycznejodnośnie głębokiego sekwencjonowania (ang. NGS – Next-Generation Sequencing) łańcuchów DNA w chmurze. Nowa usługa „EasyGenomics”, oferowana przez chiński instytut BGI w Shenzhen, zapewnia użytkownikom intuicyjny interfejs do obsługi oprogramowania, funkcji automatycznej analizy potoku oraz innych narzędzi udostępnianych przez BGI. Całość została połączona w największą platformę do sekwencjonowania na świecie. Zawiera ona kompletny zestaw narzędzi, umożliwiający biologom, bioinformatykom, a w przyszłości nawet i lekarzom przesłanie sekwencji DNA do systemu i uzyskanie ich automatycznej analizy.
Usługa jest akcelerowana przez procesory graficzne firmy NVIDIA, które przyśpieszają proces przetwarzania ogromnych ilości danych zawartych w łańcuchu DNA. Dzięki nim czas niezbędny do przeprowadzenia analizy został skrócony z kilku dni (przeciętnej prędkości osiąganej przez systemy wyposażone wyłącznie w procesory centralne) do kilku godzin, przybliżając naukowcom na całym świecie możliwość prowadzenia zaawansowanych badań genetycznych. To również krok naprzód do stworzenia niedrogich i skutecznych leków dostosowanych do konkretnego pacjenta.
Instytut BGI uruchomił dziś bezpłatną wersję próbną nowej usługi, przeznaczoną dla wykwalifikowanych biologów i bioinformatyków odwiedzających targi oraz konferencję Bio-IT World 2012. Osoby chcące uzyskać więcej informacji lub zgłosić chęć udziału w programie mogą to zrobić na stronie internetowej usługi EasyGenomics.
„Zmniejszamy koszty i ułatwiamy sekwencjonowanie łańcuchów DNA, aby zwiększyć dostępność tych procesów dla większej liczby naukowców. Mamy nadzieję, że usługi tego typu doprowadzą do wprowadzenia analizy genetycznej jako praktycznego elementu klinicznej opieki zdrowotnej, a także ułatwią złożone badania nad chorobami,” twierdzi Dr. Lin Fang, wiceprezes instytutu BGI. „Akceleracja oprogramowania przez procesory graficzne umożliwia analizowanie łańcuchów DNA szybciej niż kiedykolwiek. Skróciliśmy czas analizy z pięciu dni do pięciu godzin. Usługa EasyGenomics po pełnym wdrożeniu w chmurze może zrewolucjonizować badania genetyczne.”
Usługa EasyGenomics funkcjonuje w chmurze i jest zasilana procesorami graficznymi NVIDIA® Tesla® M2070 oraz M2075, które znacznie przyśpieszają proces analizy łańcuchów DNA, uzupełniając procesory centralne komputerów. Po pomyślnej premierze, Instytut BGI planuje rozbudować usługę EasyGenomics o setki dodatkowych procesorów graficznych NVIDIA Tesla, aby obsłużyć tysiące zainteresowanych użytkowników.
„Koszty sekwencjonowania gwałtownie spadają – są szanse, że w tym roku osiągniemy próg cenowy 1000 USD za przeprowadzenie jednej analizy. Oczekujemy ogromnego napływu danych od podmiotów zajmujących się sekwencjonowaniem DNA”, twierdzi Sumit Gupta, dyrektor ds. produktów Tesla w firmie NVIDIA. „W ramach usługi EasyGenomics instytutu BGI wykorzystuje moc obliczeń na procesorach graficznych, zapewniając naukowcom niedrogą i łatwą w użyciu metodę przetworzenia ogromnej ilości danych genetycznych. Dzięki niej jesteśmy o krok bliżej do tworzenia skutecznych i niedrogich indywidualnych terapii.”
BGI prowadzi przełomowe prace nad sekwencjonowaniem genomów wielu form życia, od roślin, przez bakterie E.coli, po pandy królewskie, tworząc lepsze leki, usprawniając skuteczność opieki medycznej i rozwijając genetycznie zmodyfikowaną żywność. Instytut ma swoją główną siedzibę w Shenzen (Chiny) oraz filie w Cambridge (Massachusetts, Stany Zjednoczone) i Kopenhadze (Dania). Celem instytutu jest zwiększenie dostępności najnowszych technologii do analizy genetycznej. Więcej informacji na temat instytutu BGI można uzyskać na stronie en.genomics.cn.